Os navios atracam diariamente nos portos brasileiros para o desembarque ou o embarque de cargas ou passageiros. Dependendo da operação, a embarcação muda, se diferenciando no tamanho, na estrutura e na utilização.
No Porto de Santos, o navio mais comum é o cargueiro, que transporta diversos tipos de mercadorias (podendo ser chamado de navio de carga). Suas características mudam conforme o produto transportado. Dentre eles temos o graneleiro, que leva cargas a granel sólidas, como grãos, farelo de soja, milho, fertilizantes e sal. Tradicionalmente, é uma embarcação com porões sem divisões em deques. Já os que transportam granéis líquidos, como suco, petróleo, etanol, gasolina e óleos vegetais, são denominados navios-tanque - a carga vai em megatanques instalados no interior das embarcações. Os que levam petróleo são os petroleiros. Para movimentar contêineres, há os porta-contêineres.
Além de navios turísticos de cruzeiros, o cais de Santos também recebe navios militares (preparados para o combate) e os de pesquisa, como os oceanográficos, além de barcaças (para os serviços de abastecimento de combustível e água).
